В ходе либеральных реформ правительства Александра II утвержден новый университетский устав.
Московский университет состоял из четырех факультетов: историко-филологического, физико-математического (разделялся на отделения математических и естественных наук), юридического и медицинского, объединявших 53 кафедры (в скобках указаны предметы).

Кафедры историко-филологического факультета: 1) философия (логика, психология, история философии); 2) греческая словесность (греческий язык и толкование авторов, ис-тория греческой литературы, греческие древности); 3) римская словесность (латинский язык и толкование авторов, история римской литературы, римские древности); 4) сравнительная грамматика индо-европейских языков; 5) история русского языка и русской литературы; 6) история всеобщей литературы; 7) славянская филология (славянские наречия, история славянской литературы, славянские древности); 8) всеобщая история; 9) русская история; 10) церковная история; 11) теория и история искусств.

Кафедры физико-математического факультета: 1) чистая математика; 2) механика (аналитическая, практическая); 3) астрономия и геодезия; 4) физика; 5) химия (опытная, теоретическая); 6) минералогия; 7) физическая география; 8) геогнозия и палеонтология; 9) ботаника (морфология и систематика растений, анатомия и физиология растений); 10) зоология (сравнительная анатомия и систематика животных, анатомия человека и физиология животных); 11) техническая и агрономическая химия. 

Кафедры юридического факультета: 1) энциклопедия права (энциклопедия юридических и политических наук, история философии права); 2) история важнейших иностранных законодательств древних и новых; 3) история русского права; 4) история славянских законодательств; 5) римское право (история римского права, догматика римского права, гражданского права, византийское право); 6) государственное право (теория государственного права, государственное право важнейших иностранных государств, русское государственное право); 7) гражданское право и гражданское судопроизводство и судоустройство; 8) уголовное право и уголовное судоустройство; 9) полицейское право (учение о безопасности, законы благочиния); 10) учение о благосостоянии (законы благо-устройства); 11) финансовое право (теория финансов, русское финан-совое право); 12) международное право; 13) политическая экономия и статистика; 14) церковное законоведение.

Кафедры медицинского факультета: 1) медицинская химия и физика (физиологическая химия, патологическая химия, упражнения в лаборатории, прикладная физика); 2) анатомия здорового человека; 3) эмбриология, гистология и сравни-тельная анатомия; 4) физиология (систематическая, эксперименталь-ная): 5) фармакогнозия и фармация; 6) общая патология (систематическая, экспериментальная); 7) общая и врачебная диагностика (при ней: история медицины и энциклопедия); 8) специальная патология и терапия (при ней: систематическое и клиническое изложение учения о нервных и душевных болезнях; 9) систематическое и клиническое изложение учения о накожных сыпях); 10) патологическая анатомия (систематическое изложение, патологические вскрытия); 11) теоретическая хирургия (при ней: офтальмология с клиникой, учение о сифилитических болезнях и о болезнях мочевых и половых органов с клиникой); 12) фармакология теоретическая и экспериментальная (при ней: рецептура, учение о минеральных водах); 13) хирургическая факультетская клиника (при ней: оперативная хирургия, прикладная анатомия, учение о повязках и машинах, упражнение в операциях на трупе); 14) терапевтическая факультетская клиника; акушерство и женские болезни с клиникой (при ней: детские болезни с клиникой); 15) судебная медицина с токсикологией, гигиена и медицинская полиция (при ней: госпитальное судебно-медицинское отделение, судебно-медицинские вскрытия, учение об эпизоотических болезнях и ветеринарная полиция); 16) госпитальная терапевтическая клиника; 17) госпитальная хирургическая клиника.

Студентам историко-филологического факультета преподавались также статистика и политэкономия, языки французский и немецкий; студентам физико-математического факультета - языки французский и немецкий; студентам юридического факультета - всеобщая история, русская история, языки латинский и немецкий; студентам медицинского факультета - физика, зоология, ботаника, минералогия, немецкий язык. На всех факультетах преподавалось богословие.По уставу должности ректора и деканов стали выборными, рас-ширился круг деятельности Совета университета, ограничена власть попечителя. Вводился институт приват-доцентуры