Монгольские завоевания, а в дальнейшем — походы Тимура существенно изменили политическую карту Центральной Азии. На рубеже XV — XVI вв. исчезает держава Тимуридов. Ей на смену приходят государства, во главе которых стоят местные династии, в том числе из Чингисидов. Так, государство Шейбанидов заняло большую часть территорий Тимуридов. Их сменила династия Аштарханидов (Джанидов). Однако в XVIII в. непрекращающиеся междоусобицы и военные вторжения (например, шаха Надира в 1740 г.) привели к тому, что Чингисидов отстранили от власти. В Бухаре на смену Аштарханидам пришла династия Мангытов, в Хорезме возникло Хивинское ханство во главе с династией Кунгратов, в Коканде — Кокандское ханство, которым правила династия Мингов.
Центральноазиатский регион из-за выгодного географического положения, которое давало военно-стратегическое и торговое преимущества (прямой выход на рынки Ирана, Афганистана, Индии и Китая), долгое время находился в зоне пристального внимания Российской империи и Великобритании. В XIX в. военные операции русских войск и дипломатические переговоры принуждали государства Центральной Азии одно за другим признавать российский протекторат: Кокандское ханство — в 1868 г., Бухарский эмират — в 1868 г. (уточнены условия в 1873 г.), Хивинское ханство — в 1873 г. Бухарский эмират и Хивинское ханство формально просуществовали до 1920 г. и были упразднены в результате революции при поддержке Красной Армии.
